پس از نیتروژن، فسفر یکی از عناصر ضروری و پرمصرف گیاه محسوب می شود که به شکل فسفات از خاک جذب می شود. از آنجا که مقدار فسفر در خاک های مختلف متفاوت است اما میزان آن در نواحی خشک و خاک های بکر بیشتر می باشد. فسفر نقش مهمی در روند رشد و نمو گیاه دارد و برای رفع کمبود آن می توان از کودهایی مثل NPK و فولیک اسید استفاده کرد. به طور کلی کمبود فسفر باعث کاهش رشد و ارغوانی شدن برگ ها می شود. علائم کمبود از نوک برگ ها شروع شده و در برگهای جوان شدیدتر است و از مرحله ی جوان گیاه تا بلوغ ادامه خواهد داشت. برای مثال در پنبه کمبود فسفر در برگ های تیره بیشتر به چشم می خورد.